典型饲用氨基酸的太赫兹光谱检测与密度泛函理论指认分析
梁爽1,2, 王莹3, 赵文文2, 张志勇1, 岳健民2, 李斌1,2,*
1.山西农业大学农业工程学院, 山西 太谷 030801
2.北京市农林科学院智能装备技术研究中心, 北京 100097
3.联想(北京)信息技术有限公司, 北京 100085
*通讯作者 e-mail: agrithz@163.com

作者简介: 梁 爽, 1999年生, 山西农业大学农业工程学院硕士研究生 e-mail: 13803484013@163.com

摘要

为探索用于畜禽饲喂低蛋白日粮的典型氨基酸太赫兹波段指纹特性及其与分子结构相关性, 本文基于太赫兹时域光谱技术和密度泛函理论(DFT)对蛋氨酸等6种饲用氨基酸开展了实验测量和理论振动计算分析。 首先, 制备了氨基酸实验样本, 测量了它们在0.5~2.0 THz的太赫兹吸收光谱, 发现: 蛋氨酸在1.48和1.54 THz、 赖氨酸在0.95和1.67 THz、 色氨酸在1.2和1.4 THz、 苏氨酸在1.42 THz、 组氨酸在1.4 THz、 异亮氨酸在1.41和1.51 THz处呈现明显吸收特性; 然后, 利用GaussView软件构建了6种氨基酸单分子结构, 应用DFT理论的B3LYP杂化泛函方法, 结合6-311G(d, p)基组优化结构, 计算获得其太赫兹波段的频谱特征, 发现: 蛋氨酸在1.51 THz、 赖氨酸在0.89和1.68 THz、 色氨酸在0.67和1.39 THz、 苏氨酸在1.4 THz、 组氨酸在1.4 THz、 异亮氨酸在1.56和1.75 THz处有一定吸收, 与实际实验测量吸收峰位基本吻合; 最后, 利用Gaussian软件分析了6种氨基酸在0.5~2.0 THz波段各吸收峰处的振动模式, 发现: 蛋氨酸1.51 THz处吸收峰源自其甲基团的面内摇摆振动; 赖氨酸0.89和1.68 THz处吸收峰源自其羧基官能团的旋转和氨基官能团的面内摇摆振动; 色氨酸1.39 THz处吸收峰源自其羧基官能团的面外弯曲振动; 苏氨酸1.4 THz处吸收峰源自其羧基官能团的面外弯曲和氨基官能团的面内摇摆振动; 组氨酸1.4 THz处吸收峰源自其氨基官能团的面内摇摆和整体摇摆振动; 异亮氨酸1.56 THz处吸收峰源自其甲基团和氨基官能团的整体摇摆和羧基官能团的面外摇摆振动、 1.75 THz处吸收峰源自其甲基团的整体摇摆和羧基官能团的面外摇摆振动。 该研究为利用太赫兹光谱技术开展典型饲用氨基的快速定性定量研究提供理论参考。

关键词: 低蛋白日粮; 氨基酸; 太赫兹; 密度泛函
中图分类号:O433.4 文献标志码:A
Terahertz Detection and Density Functional Theory Identify Analysis of Typical Feed Amino Acid
LIANG Shuang1,2, WANG Ying3, ZHAO Wen-wen2, ZHANG Zhi-yong1, YUE Jian-min2, LI Bin1,2,*
1. College of Agricultural Engineering, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, China
2. Intelligent Equipment Research Center, Beijing Academy of Agriculture and Forestry Sciences, Beijing 100097, China
3. Lenovo(Beijing) Information Technology Corporation Ltd., Beijing 100085, China
*Corresponding author
Abstract

To explore the terahertz band fingerprint properties of typical amino acids used for feeding low-protein diets to livestock and poultry and their correlation with molecular structure, this paper presents experimental analysis and theoretical vibrational calculations of six feed amino acids, including methionine, based on terahertz time-domain spectroscopy technique and Density Functional Theory (DFT). First, experimental samples of amino acids were prepared. Their terahertz absorption spectra were measured from 0.5 to 2.0 THz. It was found that methionine at 1.48 and 1.54 THz, lysine at 0.95 and 1.67 THz, tryptophan at 1.2 and 1.4 THz, threonine at 1.42 THz, histidine at 1.4 THz, isoleucine at 1.41 and 1.51 THz showed significant absorption characteristics; Then, GaussView software was used to construct the single-molecule structures of the six amino acids, and the structure was optimized by applying the B3LYP/6-311G (d, p) level of theory of DFT theory. The spectral properties of their terahertz bands were obtained through theoretical calculations. It was found that methionine at 1.51 THz, lysine at 0.89 and 1.68 THz, tryptophan at 0.67 and 1.39 THz, threonine at 1.4 THz, histidine at 1.4 THz, and isoleucine at 1.56 and 1.75 THz certain absorptionwere present. Which is consistent withthe actual experimental measurement of the absorption peaks. Finally, the vibrational modes of the six amino acids at the absorption peaks in the 0.5~2.0 THz band were analyzed by Gaussian software, and it was found that the absorption peak at 1.51 THz for methionine originated from the in-plane rocking vibration of itsmethyl group; the absorption peaks at 0.89 and 1.68 THz for lysine originated from the rotation of carboxyl group and the in-plane bending vibration of itsamino group; the characteristic peak at 1.39 THz for tryptophan originated from the out-of-plane bending of itscarboxyl group; the absorption peak at 1.4 THz for threonine originated from the out-of-plane bending of itscarboxyl group and the in-plane rocking vibration of itsamino group; the absorption peak at 1.4 THz for histidine originated from the in-plane bending of itsamino group and the overall rocking vibration; the absorption peaks at 1.56 THz for isoleucine originated from the overall rocking of its methyl groupsand amino groups and the out-of-plane rocking vibration of its carboxyl group, and the characteristic peaks at 1.75 THz originated from the overall rocking of its methyl group and out-of-plane rocking vibration of its carboxyl group. This study is a theoretical reference for the rapid qualitative and quantitative studies of typical feedamino acids using terahertz spectroscopy.

Keyword: Low-protein diets; Amino acid; Terahertz; Density functional
引言

饲用低蛋白日粮是指为满足畜禽生长营养需求, 通过添加氨基酸晶体来降低基础日粮蛋白原料用量的技术[1, 2]是当前国家主推的畜禽饲喂技术之一。 根据现行国家标准GB/T 18246—2019《饲料中氨基酸的测定》[3], 饲料中氨基酸标准检测方法为氧化酸水解法、 碱水解法和酸提取法, 但此类方法具有样品前处理复杂和样品破坏率高等不足。

光谱技术因其快速、 无损等优势已被广泛应用到无损检测等领域[4, 5, 6, 7, 8, 9, 10]。 近年来, 国内外学者先后基于红外、 拉曼光谱等[11, 12, 13, 14]开展了饲用氨基酸定性定量检测研究, 但大多处于建模研究阶段。 远红外-太赫兹光谱具有探测分子间集体振动和分子空间构型的能力, 许多生物分子在太赫兹波段呈现明显吸收特性, 目前已有学者利用太赫兹光谱技术对典型氨基酸开展了测试研究。 王卫宁等[15]和Yi等[16]分别研究了苏氨酸和色氨酸在太赫兹波段的吸收特性, 发现两者吸收峰均位于1.4 THz处附近; 施卫等[17]研究了谷氨酸水溶液在1.0~2.0 THz波段内的吸收特性, 发现其在该波段内存在多个吸收峰。 郑转平等[18]利用时域太赫兹光谱技术研究了DL-谷氨酸及其一水合物的吸收特性, 建立了定量分析模型并探讨了其吸收峰形原因。 王卫宁等[15]研究了赖氨酸的太赫兹吸收特性, 发现其吸收峰位于1.26、 1.79 THz处; Bian等[19]针对赖氨酸进行了研究, 结果表明其吸收峰位于0.96、 1.43和1.70 THz处, 虽同为赖氨酸且研究波段相近, 但两者结果仍存在一定差异。 黄玉青等[20]在0.1~4.0 THz波段内研究了蛋氨酸吸收特性, 结果发现其吸收峰位于2.9 THz处, 并未发现低频段内存在吸收峰。 通过对比发现, 上述研究结果存在一定差异, 缺乏结合实验测试与理论计算的进一步指认探索研究。

本文以蛋氨酸、 赖氨酸、 色氨酸、 苏氨酸、 组氨酸和异亮氨酸等6种饲用低蛋白日粮添加氨基酸为研究对象, 制备压片样本并开展实验测量和理论验证, 探索开展典型氨基酸的太赫兹吸收特征与分子内官能团的振动模式相关关系研究。

1 实验部分
1.1 仪器与材料

实验的测量仪器是德国Menlo System公司的TERA K15太赫兹时域光谱系统[如图1(a)], 其光源飞秒激光束脉冲宽度小于90 fs, 中心波长为1 560 nm, 重复频率为100 MHz; 使用精密电子天平(FA2004N, 上海菁海仪器有限公司)称重; 使用手动压片机(Specac GS15011, 英国)压片。

图1 太赫兹时域光谱系统与氨基酸样品
(a): 太赫兹时域光谱系统; (b): 氨基酸样品
Fig.1 Terahertz time-domain spectral system and Amino acid sample
(a): Terahertz time-domain spectral system; (b): Amino acid sample

所用6种氨基酸均购于上海源叶生物科技有限公司(纯度> 98%), 分别为L-蛋氨酸(CAS 63-68-3)、 L-赖氨酸(CAS 56-87-1)、 L-色氨酸(CAS 73-22-3)、 L-苏氨酸(CAS 72-19-5)、 L-异亮氨酸(CAS 73-32-5)和L-组氨酸(CAS 71-00-1)。 聚乙烯粉末购买于上海西格玛奥德里齐贸易有限公司。

1.2 样品制备与太赫兹光谱采集

实验采用压片法制样。 首先, 利用研体和钵杵对待测氨基酸样品进行充分研磨; 然后, 分别取160 mg样品粉末与40 mg聚乙烯粉均匀混合, 置于压片模具中, 在压力参数为3 t、 加压时间为5 min条件下制备样品压片, 得到直径为13 mm, 厚度约为1~1.5 mm的标准样本开展后续实验。 每种氨基酸制备5个样本, 共计30个。

实验在透射模式、 环境温度保持在25 ℃左右、 湿度控制在5%以下开展。 放置压片时, 确保太赫兹波垂直入射样品表面, 之后分别采集空扫状态的太赫兹信号作为参考信号、 压片的太赫兹信号作为样本信号, 使用系统配套软件TeraMat_v10.vi计算频谱和吸收系数。 对每个样本重复测量后取平均作为该样品吸收曲线。

2 密度泛函理论计算

为分析氨基酸在太赫兹波段吸收峰形成机理, 借助密度泛函理论(density functional theory, DFT)、 分子结构绘制软件GaussView和理论计算软件Gaussian 09W开展理论计算和振动分析。 首先绘制了6种氨基酸单分子结构(如图2), 其中白、 蓝、 红、 黄和紫色圆球分别代表碳(C)原子、 氢(H)原子、 氧(O)原子、 硫(S)原子和氮(N)原子; 然后选取常用B3LYP/6-311G(d, p)理论水平进行结构优化和频率计算, 计算结果表明优化后的分子没有虚频。 最后通过GaussView软件呈现氨基酸分子振动模式, 辅助太赫兹吸收峰形成机理分析。

图2 典型饲用氨基酸单分子结构
(a): 蛋氨酸; (b): 赖氨酸; (c): 色氨酸; (d): 苏氨酸; (e): 组氨酸; (f): 异亮氨酸
Fig.2 Single molecular structure of typical feed amino acids
(a): Methionine; (b): Lysine; (c): Tryptophan; (d): Threonine; (e): Histidine; (f): Isoleucine

3 结果与讨论
3.1 典型饲用氨基酸的太赫兹特征光谱分析

实验采集的参考信号和氨基酸样品时域光谱如图3(a)所示, 每条光谱均为重复测量的平均光谱。 从时域波形可知, 与参考信号相比, 样品信号出现了时间延迟, 延迟时间为3~4 ps左右, 原因是太赫兹波在空气和样品中传播速度不同; 样品信号幅值较参考信号也发生了不同程度衰减, 强度降低总体处于0.35~0.80范围内, 原因是不同类型样品对THz辐射有不同吸收、 反射和散射。 将样品时域信号通过傅里叶变换转换为频域信号[图3(b)], 氨基酸的频域幅值呈现先增大后减小的趋势, 幅值最强均出现在0.25 THz附近, 其中色氨酸频域信号强度最强, 组氨酸最弱。

图3 典型饲用氨基酸的太赫兹光谱信息
(a): 时域谱; (b): 频域谱
Fig.3 Terahertz spectra of typical feed amino acid
(a): Time domain spectrum; (b): Frequency domain spectrum

3.2 氨基酸的实验和理论光谱及振动分析

为探究6种典型饲用氨基酸太赫兹光谱吸收峰的形成机理, 基于DFT理论计算其理论振动频率, 利用可视化软件GaussView呈现其具体振动模式。 由于氨基酸样本在0.5~2.0 THz频段外信噪比较低, 故选取0.5~2.0 THz作为有效分析频段。 图4—图9分别展示了6种氨基酸实验测量与理论计算结果, 黑色曲线与右坐标轴对应实验测量结果, 红色曲线与左坐标轴对应理论计算结果, 分子构型中蓝色实线则代表相应振动矢量。

图4 蛋氨酸吸收、 理论光谱和振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 1.51 THz处振动模式
Fig.4 Terahertz absorption, theoretical spectra of methionine and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): Vibrational modes at 1.51 THz

图5 赖氨酸吸收、 理论光谱振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 0.89 THz处振动模式; (c): 1.68 THz处振动模式
Fig.5 Terahertz absorption, theoretical spectra of lysine and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): Vibrational modes at 0.89 THz; (c): Vibrational modes at 1.68 THz

图6 色氨酸吸收、 理论光谱和振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 1.39 THz处振动模式
Fig.6 Terahertz absorption, theoretical spectra of tryptophan and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): Vibrational modes at 1.39 THz

图7 苏氨酸吸收、 理论光谱和振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 1.40 THz处振动模式
Fig.7 Terahertz absorption, theoretical spectra of tryptophan and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): Vibrational modes at 1.40 THz

图8 组氨酸吸收、 理论光谱和振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 1.40 THz处振动模式
Fig.8 Terahertz absorption, theoretical spectra of histidine and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): Vibrational modes at 1.40 THz

图9 异亮氨酸吸收、 理论光谱和振动模式
(a): 吸收和理论光谱; (b): 1.56 THz处振动模式; (c): 1.75 THz处振动模式
Fig.9 Terahertz absorption, theoretical spectra of isoleucine and vibrational modes
(a): Absorption and theoretical spectrum; (b): vibrational modes at 1.56 THz; (c): vibrational modes at 1.75 THz

对于蛋氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图4(a)所示。 实验测得蛋氨酸吸收曲线在0.5~1.6 THz波段内呈上升趋势, 吸收峰位于1.48和1.53 THz处, 在高于1.53 THz频段内呈现不规律震荡; 理论计算结果显示, 蛋氨酸在1.51 THz处呈现一个明显吸收峰。 对比实验和计算结果可知, 两者在0.5~1.75 THz波段内变化趋势吻合度较好, 吸收强度均呈现先上升后下降趋势, 但实验测得吸收曲线较为复杂, 可能是制备样品时破坏了部分结构。 蛋氨酸1.51 THz处吸收峰主要源自其甲基(2CH3)的面内摇摆振动[图4(b)]。

对于赖氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图5(a)所示。 实验测得赖氨酸在0.5~2.0 THz波段内呈现两个吸收峰, 分别位于0.89和1.67 THz处, 高频处吸收强度较大; 理论计算结果显示赖氨酸同样呈现两个吸收峰, 分别位于0.89和1.68 THz处, 低频处吸收强度较大。 对比实验和计算结果可知, 两者一致性较好, 实验测得0.95和1.67 THz处吸收峰, 分别对应计算所得0.89和1.68 THz处吸收峰。 在高频处两者吻合度较高, 只有0.01 THz的偏差, 低频处差别略大, 为0.06 THz。 这可能与孤立单分子模型有关, 理论计算只考虑了分子内振动模式, 未考虑分子间相互作用、 晶体场效应和晶体共振[21], 进而导致两者存在微小差异。 图5(b)和(c)分别展示赖氨酸0.89和1.68 THz处吸收峰的振动模式, 其中0.89 THz处吸收峰源自其羧基官能团(19COOH)的旋转振动, 1.68 THz处吸收峰源自其氨基官能团(13NH2)和1C-2C链外接H原子的面内摇摆振动。

对于色氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图6(a)所示。 实验测得色氨酸在0.5~1.5 THz波段呈现一处明显吸收峰, 位于1.4 THz处; 而计算结果显示, 色氨酸在相同波段内呈现两处吸收峰, 分别位于0.67和1.39 THz处。 对比两者发现, 在高频段内吸收峰较为吻合; 在低频段内, 理论计算得到0.67 THz处吸收峰, 但在实验测量中并无对应, 可能是吸收强度太弱导致吸收峰不明显。 分析色氨酸振动模式可知[图6(b)], 1.39 THz处的吸收峰主要源自其羧基官能团(18COOH)的面外弯曲振动以及氨基官能团(23NH2)的旋转振动。

对于苏氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图7(a)所示。 实验测得苏氨酸只呈现一处明显吸收峰, 位于1.42 THz处; 计算结果显示, 苏氨酸单分子在1.4 THz处呈现明显吸收峰。 对比实验与计算结果可知, 两者在变化趋势方面一致性良好, 表明分子间集体振动对其吸收峰的影响较弱。 在吸收峰位方面, 两者存在0.02 THz的微小差异, 主要是由温度和非谐效应引起, 实验在常温下进行, 而理论计算基于0 K温度条件下, 且弯曲和摇摆振动中经常存在非谐效应[22]。 由分子振动模式[图7(b)]可知, 苏氨酸在1.4 THz处吸收峰源自其羧基官能团(12COOH)的面外弯曲振动以及氨基官能团(9N—H2)的面内摇摆振动。

对于组氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图8(a)所示。 实验测量与理论计算结果一致性良好, 其吸收峰均位于1.4 THz处。 这表明组氨酸吸收峰源自分子内部振动, 分子间的相互作用对其吸收特性几乎无影响。 组氨酸1.4 THz处吸收峰源自其亚甲基团(C10—H2)、 氨基官能团(N17—H2)的面内摇摆振动和1C—8N—2C—3C—4N上H原子整体的摇摆振动[图8(b)]。

对于异亮氨酸, 其实验光谱及理论计算结果如图9(a)所示。 两者均显示异亮氨酸在0.5~2.0 THz内呈现两个吸收峰, 其中实验测得吸收峰位于1.41和1.51 THz处, 计算所得吸收峰位于1.56和1.75 THz处。 对比发现, 实验吸收光谱出现了红移, 两个吸收峰红移量分别为0.15和0.24 THz, 原因可能是测量与理论计算假设的环境温度不同, 热胀冷缩导致氨基酸键长发生变化, 从而导致了红移现象[23]。 其中, 实验测得1.41和1.51 THz处吸收峰与理论计算1.56和1.75 THz处相应, 虽实验与计算结果在吸收峰位和间距上出现偏差, 但总体形状和变化趋势较为吻合。 其中异亮氨酸1.56 THz处吸收峰源自其两个甲基团(1C—H3和16C—H3)和一个氨基官能团(20N—H2)的整体摇摆以及羧基(12COOH)的面外摇摆振动共同引起[图9(b)]; 1.75 THz处吸收峰则源自于甲基团(16C—H3)的整体摇摆和12C羧基官能团(12COOH)的面外摇摆振动引起[图9(c)]。

综上, 六种氨基酸在1.0~2.0 THz波段内实验测量与理论计算结果一致性良好, 但在0.5~1.0 THz波段内存在一定差异。 部分氨基酸实验测量所得吸收峰未在理论计算结果体现, 原因可能是理论计算模型与实验晶体结构存在差异, 实验所用氨基酸样品为多分子晶体, 而理论计算为单分子模型, 分子间的氢键、 范德华力以及晶格振动等相互作用无法体现。

4 结论

针对蛋氨酸等6种饲用典型氨基酸, 应用太赫兹光谱技术和密度泛函理论对其太赫兹波段的吸收特性进行了实验测量和指认分析。 研究结果表明, 实验吸收光谱与理论计算结果基本吻合, 其吸收特性主要来自于官能团的摇摆振动和弯曲振动, 利用密度泛函理论可以对其进行指认分析。 部分样品低频段内实验与理论计算差异较大, 说明样品的太赫兹吸收光谱是分子内部和分子间作用的集中体现, 同时也证明了利用太赫兹光谱技术开展氨基酸快速无损检测的可行性, 为利用太赫兹光谱技术实现典型饲用氨基酸的快速定性定量检测提供了理论参考。

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