基于多尺度SNV-CWT特征的黑土有机质、 水分、 总铁及pH值估测
谭洋, 姜琦刚*, 刘骅欣, 刘斌, 高鑫, 张博
吉林大学地球探测科学与技术学院, 吉林 长春 130026
*通讯作者 e-mail: jiang_qigang@163.com

作者简介: 谭 洋, 1990年生, 吉林大学地球探测科学与技术学院博士研究生 e-mail: tanyang331@163.com

摘要

田间土壤属性复杂且随时间变化, 快速精准地获得多种土壤理化指标数据对指导精细农业操作具有重要意义。 为避免土壤水分带来的干扰, 基于光谱技术的土壤成分含量预测需在土壤样本干燥的情况下进行光谱测量, 然而土壤水分同样是指导农业生产的重要指标。 为同时预测黑土区土壤有机质(SOM)、 水分(SMC)、 总铁(Fe)和pH值, 提出测量湿土土壤样本的可见-近红外光谱, 并采用标准正态变量变换(SNV)-连续小波变换(CWT)法分解光谱反射率, 逐样本进行SNV后, 以Mexh为小波基函数进行10个尺度(21, 22, …, 210)的分解, 并与常用光谱处理方法进行对比, 包括高斯滤波(GS)、 一阶导数(FD)、 连续统去除(CR), 数学变换等7种方法。 将74个样本数据划分为两组, 其中50个作为建模集, 24个作为验证集。 经SNV-CWT变换后, 每个尺度的小波系数与每个目标变量间置信度小于0.05的波段作为随机森林(RF)预测模型的输入变量, 以各尺度验证模型精度为标准确定每个预测目标的最佳分解尺度; 通过计算最佳尺度小波系数与土壤成分间的皮尔森相关系数(PCC), 基于模型的相关系数(MBC)和灰色关联度(GRD), 判断各属性的特征波段, 且分别以三种相关系数作为指标, 以过滤式筛选法建立不同属性的RF估测模型。 结果表明: 与7种常用的处理方法相比, SNV-CWT分解后四种土壤成分的预测精度均有提高, SOM, SMC, Fe和pH对应的最佳分解尺度分别为7, 8, 1和10。 在以多维特征作为输入变量的情况下, SOM与SMC的验证模型决定系数( R2)即可达到0.90和0.93。 三种分析方法中以MBC计算的相关系数为波段筛选指标建立的模型精度最佳, 其中SOM与SMC的 R2均为0.94, 且Fe( R2=0.67, Mse=0.01%, RPD=1.76)与pH( R2=0.80, Mse=0.1, RPD=2.24)的模型精度具有大幅度提高, 可应用于多种土壤理化指标数据的提取与监测。

关键词: 黑土区; 近红外光谱; 数据处理; 有机质; 水分; 总铁; pH
中图分类号:TP79 文献标志码:A
Estimation of Organic Matter, Moisture, Total Iron and pH From Back Soil Based on Multi Scales SNV-CWT Transformation
TAN Yang, JIANG Qi-gang*, LIU Hua-xin, LIU Bin, GAO Xin, ZHANG Bo
College of Geo-exploration Science and Technology, Jilin University, Changchun, 130026, China
*Corresponding author
Abstract

Soil composition is complex and varied. Predicting the contents of soil propertiesfast and efficiently is important for precision agriculture. Spectra are usually measured on dried soil samples. However, soil moisture is an important indicator for the guidance of agriculture activities. In order to predict the soil organic matter (SOM), soil moisture content (SMC), total iron (Fe) and pH value, we propose to measurement VIS-NIR spectra directly on wet samples and use Standard normal variable (SNV)-Continuous wavelet transform (CWT) method on spectra. CWT method uses Mexh as wavelet filter and 10 scales after SNV on each spectrum. Seven common methods, including Gauss filter (GS), First derivative (FD), Continuous removal (CR), and Mathematical transform (Log(1/ R)) et al were used as comparisons. All of 74 samples were divided into 50 and 24, for calibrated and validation datasets. On the coefficients of each scale after SNV-CWT, wavebands that passed 0.05 significance level were selected as RF input variables. The optimal scale for each property was confirmed based on the statistical indicators of validation models. Then the Pearson correlation coefficients (PCC), Model based coefficients (MBC) and Grey relation degree (GRD) between each property and wavelet coefficients were calculated on the optimal scales. Models were estimated by the filter screening method based on the correlation coefficients calculated by the three methods. Results showed that, accuracies of all properties were improved after SNV-CWT comparing to the 7 commonly methods. The optimal transformation scales were 7, 8, 1 and 10, corresponding to SOM, SMC, Fe and pH respectively. When taking high dimension features as input variables, the Coefficient of Determination ( R2) was reached to 0.90 and 0.93. The best analysis method was MBC. Because the models performed best when wavebands for the models were selected using MBC as a screening method, the R2 of SOM and SMC was 0.94 and the accuracies of Fe ( R2=0.67, Mse=0.01%, RPD=1.76) and pH ( R2=0.80, Mse=0.1, RPD=2.24) were greatly improved, methods can be used for extracting and monitoring multi soil properties.

Keyword: Black soil area; Vis-Nir spectra; Data processing; Soil organic matter; Soil moisture; Total iron; pH
引言

土壤是由矿物质、 有机质(soil organic matter, SOM)、 水分(soil moisture content, SMC)和空气等多种成分构成的复杂系统。 土壤成分检测和分析可用于提高土壤条件评估, 指导精细化生产的农业活动。 其中, SOM和SMC是土壤及农作物生长的重要因素, 关系土壤肥力, 影响农作物长势; 总铁(Fe)是土壤矿物中的主要元素之一, 包括Fe2+, Fe3+, 复合其他化学成分的铁, 如EDTA, 以及各种铁的氧化物, 是植物生命活动必须的微量元素; 土壤pH值描述了碱基饱和水平, 与微量元素的有效性、 以及与潜在有毒元素, 如铝, 有密切关系。 传统基于样本的化学分析方法成本高、 检测周期长, 反射率光谱法已成为快速、 可靠地获取土壤组成信息的一种替代方法。 基于不同波长反射率与土壤成分的响应关系, 可见光-近红外反射光谱已被广泛应用于预测不同土地利用类型土壤的SOM、 SMC[1, 2]等。

在光谱数据处理中, 选择一种适合的信号处理方法至关重要, 有效的光谱处理方法可以极大地提高估测模型的精度。 对于不同土壤成分的提取, 通常可采用不同的数据处理方法获得理想的精度[3, 4], 如利用多元散射校正(multiple scatter correction, MSC)方法提高总铁、 游离铁和无定形铁的估算精度, 平滑滤波(savitzky golay, SG)结合MSC提高土壤pH和其他土壤成分的估算精度[5], 分数阶导数处理提高盐渍化土壤SMC估测精度[6], 利用离散小波变换提高土壤重金属元素的估测精度[7]。 大部分研究为提高土壤成分的预测精度选择烘干样本测量反射率, 或利用外部参数正交化法[8]等去除水分影响。 且常规土壤光谱数据处理方法大多着重于突出单一估测目标的变化特征, 削弱其他目标的影响[9]。 为同时提高多种土壤成分的预测精度, 需要减弱颗粒大小不均和粒子表面带来的散射影响对光谱反射率测量带来的误差, 并增强不同成分响应特征的细节信息。

标准正态变量变换(standard normal variable, SNV)针对每一样本的光谱数据, 降低样本表面的非特异性散射噪声。 多尺度连续小波变换(continuous wavelet transform, CWT)在不同程度上放大光谱数据的细节特征[10], 可有效探测化学元素, 树冠水分[11], 叶片的氯离子浓度[12]等。 本文提出使用SNV-CWT多尺度分解法处理湿土样本高光谱反射率数据, 以随机森林(RF)预测模型的精度为标准, 对比7种常用处理方法, 确定不同成分的最佳分解尺度。 利用三种方法计算和分析光谱分解前后与各成分相关关系, 并实现各成分特征波段的提取与建模分析。

1 实验部分
1.1 研究区概况

东北黑土区主要分布在吉林省和黑龙江省, 少量分布在辽宁省北部和内蒙古东部, 如图1所示。 根据以往研究, 黑土区土壤肥沃, SOM含量丰富, 且自南向北递增, 极少部分SOM含量少于2%。 采样点位于松辽平原北部的黑土带内, 主要分布在黑龙江省中部, 海伦市(44° 04'—44° 45'N, 125° 26'—126° 31'E)和吉林省中部, 德惠市(47° 00'—47° 41'N, 126° 25'—127° 06'E)。

图1 研究区及采样点分布Fig.1 Study area and sampling regions

1.2 土壤样本采集、 成分测定及光谱测量

土壤样本采集于2017年5月4日至9日, 正值春耕时期, 土壤表面冰雪完全消融, 且无植被覆盖。 共有74个采样点, 每个采样点在5 m×5 m范围采集5份土壤, 采集深度为0~15 cm, 所有样本均被独立装入自封袋并标记样本号, 采样点中心地理坐标由便携式GPS记录。

在实验室条件下将每个采样点的5份土壤混合均匀, 过2 mm筛剔除碎石子残留秸秆等杂质。 每份样本共取出100 g土壤分别用于测定各土壤成分含量, 其中, 利用重力法测定SMC含量, 重铬酸钾加热法测定SOM含量, 点位法测定土壤pH值, 等离子光谱仪测定Fe含量。 土壤样本成分含量统计如表1所示。 其中SOM含量介于2.0%~6.3%, 平均值约为3.5%, 整体含量较高; 土壤样本SMC近似于野外土壤水分含量, 值域分布区间较大, 介于3.8%~24.4%; Fe含量介于2.3%~3.4%之间, 且标准偏差(SD)与变异系数(CV)均较小(SD=2.12, CV=7.81), 总体含量差异不明显; pH值介于4.7~8.1之间, 均值为5.7, 标准偏差较小(SD=0.77), 总体偏离平均值较小。

表1 研究区土壤样本成分值统计 Table 1 Statistical values of soil component from study area

室内光谱测量在黑暗的实验室进行, 将过筛土壤样本置于深度1 cm的铝制测试盒, 刮平表面, 用90 W的卤素灯照向表面。 采用ASD FieldSpec3光谱仪测定光谱反射率, 每个样本在不同位置共计测量20条光谱曲线。 利用ViewSpecPro软件计算平均光谱作为该样本的原始反射光谱曲线。

1.3 光谱数据处理

光谱数据首先以原始光谱反射率为输入矩阵, 进行标准正态变量变换。 逐一将光谱反射率数据X=(X1, X2, …, Xp)在p波长处转换为Z=(Z1, Z2, …, Zp), 其中

Zi=(Xi-m)/s(1)

式(1)中, ms分别表示X1, X2, …, Xp的均值和标准差[13]。 以变换后的数据Zn×p(n为样本数)作为输入矩阵进行多尺度连续小波变换。 光谱反射率的连续小波变换可以表示为小波基函数Ψ (λ )经过比例缩放和平移所产生的一系列系数, 用式(2)表示为[12]

Wf(a, b)=< f, Ψa, b> =-+f(λ)1aΨλ-badλ(2)

式(2)中, Wf(a, b)为小波系数, ab均为实数, a为比例因子(小波基的宽度), b为平移因子(小波基的位置)。 小波系数Wf(a, b)为小波基与光谱反射率在不同尺度下的关系。

参与对比的数据处理方法包括一阶导数(first derivative, FD), 二阶导数(second derivative, SD), 连续同去除(continuum removal, CR), 标准正态变量变换(SNV), 多元散射矫正(MSC), 高斯滤波法(Gaussian filter, GS), 以及对数变换[logarithm transform, log(1/R)]。 其中FD和SD变换, 首先对离散光谱反射率进行具有11个平滑点的二阶多项式拟合, CR通过调用Tripack R包中的Delaunay三角测量的凸包实现光谱拟合; 其余处理方法均利用Python实现, 且均以湿土壤样本的原始光谱反射率为输入数据。 为减少反射率边缘的噪声, 原始光谱反射率仅保留400~2 500 nm范围的值。 为了可视化不同处理方法的差异, 所有的信号变换都绘制在图2中, 其中SNV-CWT处理方法绘制的是10尺度(210)的分解系数。

图2 经过不同处理方法的光谱曲线Fig.2 Reflectance spectraunder different transformation methods

1.4 特征分析、 建模与精度验证

皮尔森相关系数(Pearson correlation coefficients, PCC)常用来衡量特征与目标变量间的线性相关程度, 定义为两个变量之间的协方差与标准差的商。 基于模型的系数(model based coefficients, MBC)是一种基于模型的相关关系指标, 与传统的线性方法相比, 可以在建模之前判断特征变量与目标变量间基于模型的非线性关系。 灰色关联分析(grey relation analysis, GRA)是一种多因素统计分析方法, 通过计算参考数列和比较数列变化曲线几何形状相似程度判断因素间的关联程度, 由此方法计算得出的灰色关联度(GRD)可作为判定特征数据与相关因素序列的相关性指标。 研究中采用三种方法对SNV-CWT处理前后的光谱数据进行特征分析, 判断不同土壤属性的响应波段范围。

随机森林(random forest, RF)回归是一种基于决策树的机器学习算法, 采用bootstrap抽样技术抽取训练集, 并建立每个训练集的CART树, 构成森林, 具有强大的预测能力, 已被广泛应用于不同科学领域。 该方法学习速度快, 可以处理大量的输入变量, 即使在特征变量数远大于样本数据时也可以很好地避免过拟合, 且模型抗粗差能力较强。

采用决定系数(coefficient of determination, R2)、 均方差(mean squared error, Mse)和相对分析误差, 即标准差与预测均方根误差比(residual predictive deviation, RPD)这3个指标检测与评价模型的稳定性和预测能力。 其中R2越接近1说明模型拟合程度越好; 当RPD< 1.4时, 模型质量较差, 无法对样本进行预测; 当1.4< RPD< 2时, 模型质量较好, 可以用来进行目标变量的粗略估算; 当2< RPD< 2.5时, 模型质量很好, 可以用于目标变量的定量预测; RPD> 2.5时, 模型具有极好的预测能力[14]。 检验与校正模型的统计指标(statistical indicators, SI)计算公式如式(3)—式(5)

Mse=i=1n[F(i)-A(i)]2n(3)

R2=1-i=1N(Fi-Ai)2i=1N(Fi-A̅)2(4)

RPD=SDMse

其中, SD=i=1n(F(i)-A̅)2n-1(5)

其中, SD为标准差, F(i)为预测值, A(i)为测量值, A̅为测量值的均值, n为样本数。

2 结果与讨论
2.1 原始数据分析

原始光谱反射率曲线在1 400, 1 900及2 200 nm附近均具有明显的拐点。 湿土壤条件下的光谱反射率较干土相比, 在1 400和1 900 nm附近具有较大程度的波动。 如图3所示, 两条曲线的有机质含量相近, 分别为6.0%和6.1%, 但含水量差异较大, 分别为15.8%和5.4%。 干土情况下两样本的光谱反射率曲线形状相似, 含水量不同时, 湿土样本两条光谱反射率形状具有较大差异, 说明水分对反射率具有显著影响。 而Fe、 pH与反射率的最大PCC分别为0.18与0.25, 与SOM的最大值(0.63)相比对反射率的影响较低。

图3 干湿土壤样本原始光谱反射率示意图Fig.3 Raw reflectance spectra of dry and wet samples

2.2 数据处理方法的有效性分析

以建模精度为标准验证数据处理方法的有效性, 将置信度小于0.05的多维变量作为RF模型输入特征, 8种处理方法的预测精度如表2所示。 除log(1/R)变换外, SOM的建模精度均有一定的提高, 且经过SNV-CWT变换的模型精度可以达到R2=0.90, Mse=0.15%, PRD=3.21。 SMC在原始反射率情况下, 没有符合显著性水平的波段, 经过不同方法处理后仅GS与log(1/R)方法下的建模精度RPD< 2, 其余6种处理变换均有一定的提高, 且经过SNV-CWT变换精度为R2=0.93, Mse=1.37%, PRD=4.71。 常用方法中SD, CR, SNV, MSC和GS可以粗略建立Fe的预测模型, 然而建模结果精度均不理想, 经过SNV-CWT处理后建模精度可以得到最大的提升, 但RPD仍小于1.5。 8种处理方法较原始反射率相比, pH建模精度均有不同程度的提高, 且经过CR, SNV和SNV-CWT处理后, 模型精度RPD均可大于1.5。 由表2 可以看出, 不同数据处理方法对每种成分的影响效果不一, 采用SNV-CWT处理, 可同时获得四种土壤成分大幅度提升的建模精度。 与Stenberg等研究结果相比, SOM和SMC建模精度一般在 RCV2=0.50到0.90之间[4], 经过SNV-CWT处理后, 在以多维特征潍输入变量的情况下SOM与SMC的建模精度已达到可获得的较好结果(R2=0.90和0.93)。

表2 不同数据处理方法下的SOM, SMC, Fe和pH验证模型精度 Table 2 Statistical indicators ofvalidation models of SOM, SMC, Fe and pHunder different transformation methods
2.3 多尺度SNV-CWT的有效性及各成分最佳分解尺度

研究中以Mexh为小波基函数, 进行10个尺度(21, 22, 23, …, 210)的SNV-CWT分解, 将一维光谱反射率分解为10个尺度的小波系数。 以原始光谱数据集74×2 101维矩阵为输入, 经SNV-CWT处理后转换为74×10×2 101维矩阵。 针对四种土壤成分, 选择每个尺度置信度小于0.05的小波系数作为输入变量, 建立RF回归模型, 以验证模型获得的决策系数R2为标准, 确定各土壤成分最佳分解尺度。 如图4所示, SMC的模型精度在不同尺度上整体优于SOM, 且SOM和SMC的建模精度较Fe和pH更好。 这是由于SMC和SOM对光谱反射率影响起主导作用, 对Fe与pH验证模型信息具有掩盖作用, 且Fe的含量变化区间小。 SOM与SMC的最佳分解尺度分别为7和8; Fe与pH验证模型的最佳分解尺度为1和10。 每种土壤成分对应于不同的分解尺度有明显的增强信息, 相比于单一尺度分解, 多尺度SNV-CWT分解对多属性探测具有更大优势。

图4 SNV-CWT多尺度情况下的不同目标变量的模型决策系数Fig.4 Coefficients of determination (R2) corresponding to different soil properties on multi SNV-CWT scales

2.4 特征分析与建模

分别计算SOM, SMC, Fe和pH与原始反射率以及在最佳分解尺度系数的PCC, MBC和GRD, 其中PCC为线性相关系数的平方, MBC为单变量RF模型决策系数, GRD计算时取分辨系数ρ =0.5。 从图5中可以看出, 经过SNV-CWT变换后, 三种方法计算得出的相关系数均较原始反射率有所提高, 且SOM与SMC相关系数均高于Fe与pH模型。 这也充分解释了多维特征建模时Fe与pH的模型精度在不同尺度上均不及SOM与SMC。 与土壤成分对应的相关波段通过分析可分为两类: 一类是三种方法计算的相关系数曲线在相同的波长范围均有较明显的峰值, 这种波段可以认为是该成分的主要特征波段; 另一类是一种或两种分析方法计算的相关系数较高而对应的其他方法相关系数较低, 这种波段属于该成分的特征波段。 SOM在450, 580和820 nm附近的波段属于主要特征波段范围; 超过1 400 nm, 例如1 495, 2 210以及2 420 nm左右, 属于SOM的特征波段。 而SMC的特征波段主要分布在大于1 400 nm, 从PCC和MBC曲线可以看出波段均表现出较高的相关性。 1 460和1 950 nm附近是明显的主要特征波段, 与前人总结的SMC特征波段一致。 Fe在整个可见光近红外光谱范围区间, 并没有很明显的主要特征峰, 但较原始反射率相比, 三种分析方法计算得出的所有波段相关度有所提高, PCC的最大值从0.18提升至0.47。 从GRD曲线看, 特征间的相关系数大小差异不明显; 从PCC与MBC曲线判断, 730, 1 360, 1 750以及2 110 nm附近属于Fe的特征波段。 pH的特征波段分散在整个范围内, 从PCC与GRD曲线来看, 特征波段集中在460, 920, 2 240和2 430 nm附近; 从MBC来看, 还集中在1 100和1 740 nm附近。

图5 SNV-CWT处理前后的反射率与不同成分的关系Fig.5 Correlations between different soil properties and reflectance before and after SNV-CWT

总体分析, 对反射率具有主导影响的属性, 如SOM与SMC, 不同分析方法均可筛选出其对应的主要特征波段。 而影响较弱或含量较低的属性, 如pH与Fe, 主要特征波段不明显, 分析方法不同时所对应的特征波段会有所差别。 从Fe和pH的相关关系图中可以看出, 对于主要特征波段不明显的土壤成分, 不同方法计算的波段相关系数排序不同, 由此所确定的特征波段不同。 因此使用三种分析方法计算波段与土壤成分的相关系数为指标, 采用过滤式方法筛选波段作为模型输入变量并进行模型精度分析。

表3表4分别记录了以PCC和GRD为过滤式筛选标准的具体建模指标。 从表中可以看出, PCC和GRD对四种成分的计算精度相似; 除SOM外, 其他三种成分所需的波段数目均较多, 且与多维特征建模(表2)相比精度近似。 表中N(Numbers)表示样本数量, T(Threshold)表示相关系数阈值。

表3 线性相关法筛选特征及建模精度 Table 3 Statistical indicators of models taking bands selected by PCC as input variables
表4 灰色关联分析法筛选特征及建模精度 Table 4 Statistical indicators of models taking bands selected by GRA as input variables

图6为根据MBC值逐步添加特征得到的RF验证模型R2曲线。 与基于PCC和GRD指标分析的特征筛选方法相比, 此方法计算得出的相关关系更适于提高预测模型的精度。 从子图中曲线的变化趋势可以看出, 对于SOM和SMC, 波段数量的增加对模型精度的影响并不大, 基于第6尺度分解系数的SOM与第7尺度分解系数的SMC验证模型R2基本位于0.9~0.95之间, 且可以在较少波段的情况下获得较优的预测模型。

图6 基于模型的相关关系筛选特征及建模精度Fig.6 Statistical indicators of models taking bands selected by MBC as input variables

Fe的模型精度随着波段数目的增加明显降低。 在可见光近红外波长范围内, 由于SOM含量较高, 在1 400 nm前对反射率具有主导影响, 且SMC对光谱的吸收作用, 干扰反射率曲线, 使1 400 nm后的反射率曲线扭曲, 致使Fe的特征波段信息被掩盖。 同时由于Fe包含的成分复杂, 易受到外界环境及有机质的影响[5], 较难估算。 相关研究经过100目研磨及MSC处理后的验证模型精度(R2=0.6, RPD=0.86)相比, 图6中Fe的建模当筛选波段数目为8时, 最佳模型R2为0.67, 此时RPD为1.76(1.4< 1.76< 2), 模型较好可用于粗略估算。 pH的预测模型在入选波段数目为41时达到最佳, 此时验证模型R2=0.80, RPD=2.24。

3 结论

多尺度SNV-CWT分解是一种能够有效提高多种土壤理化指标预测精度的方法。 常规数据处理方法仅能在一定程度上提高某种成分的预测精度, 而以Mexh为小波基函数的多尺度SNV-CWT分解方法可全面提高各种成分的信息提取质量。 与GS, FD和CR等7种常用的处理方法相比, 四种成分预测模型精度在SNV-CWT分解下均有提高且优于其他方法。 通过对比处理前后反射率与土壤成分的PCC, MBC以及GRD, 可以看出多尺度分解系数能够有效地在不同尺度上放大成分的细节信息, 提高土壤成分与反射率的相关系数。 以MBC为指标进行的过滤式特征筛选为输入变量的预测模型具有最佳的精度, 其中SOM和SMC的R2=0.94, Mse分别为0.09%和1.1%, 可以获得极好的预测精度。 Fe的R2=0.67, Mse=0.01%, RPD=1.76; pH的R2=0.80, Mse=0.1, RPD=2.24, 可以达到用于定量预测的程度。 土壤属性复杂, 在湿土壤情况下同时获得多种土壤成分的含量, 可以大大提高土壤质量评估效率, 快速进行精准农业指导。

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